全温摇瓶柜是生物发酵工艺小试以及菌种扩培的主要方式。在微生物发酵中，小试都是用摇瓶机摇瓶培养的，既可以节约原料和菌种，又可以对培养条件进行调整，有利于做正交等对比实验。
全温摇瓶柜在发酵罐中，进行微生物培养，存在较大差异，比如流体状态、通氧状态，差异性对于发酵时的微生物所需的氧气供应与利用有着很大的影响，但是可以通过精心操作、环境消毒来避免，而且为了得到真实的实验结果，就算实验失败，损失也不大。
全温摇瓶柜在实验时，使用四层纱布封口是实验成功的一个关键因素，因为当墨守成规用八层纱布时，实验结果并不理想。对于好氧类型的摇瓶柜实验，改善供氧的一些措施。
